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논문 관련 앱은 다음 포스트에서 계속됩니다. 
Posted by 김치유산균

Promega

Promega



이번에 소개할 생명과학 연구자를 위한 아이폰 앱은 이전에 소개한 몇가지 앱들의 기능을 가지고 있는 앱으로 Promega사에서 제공하는 앱이다. 제공하는 메뉴를 아래에 하나씩 살펴보겠다.

(가) Protocols & Applications
 Promega에서 제공하는 실험 protocol을 볼 수 있는 기능이다.

(나) Biomath Calculators
1) DNA Conversions
  a. dsDNA: ug to pmol (dsDNA 길이와 보유하고 있는 DNA의 양을 입력하면 DNA의 몰농도(pmol)를 계산해준다)
  b. dsDNA: pmol to ug (반대로 몰농도를 입력하면 dsDNA의 양을 계산해주는 기능)
  c. ssDNA: ug to pmol (ssDNA 길이와 보유하고 있는 DNA의 양을 입력하면 DNA의 몰농도(pmol)를 계산해준다)
  d. ssDNA: pmol to ug (반대로 몰농도를 입력하면 ssDNA의 양을 계산해주는 기능) 
  e. Linear DNA: ug to pmole of Ends (linear DNA의 말단의 농도를 계산해주는 기능)
  f. Molar Ratio of Insert to Vector (클로닝시 사용할 수 있는 벡터와 인서트의 몰비율을 계산해주는 기능)
 
2) Protein Conversions
  a. Molar Conversions (단백질의 분자량과 단백질의 양, 몰농도 중 두가지를 입력하면 남은 하나를 계산해줌)
  b. Coding Capacity of DNA (DNA 길이, 단백질 아미노산 갯수, 단백질 분자량 중 하나를 입력하면 나머지 두개를 대략 계산해줌)

3) Temperature and Other conversions
 a. Dilution (stock solution으로 희석할 때 양을 계산해주는 기능)
 b. Molarity (시약제조시 몰농도를 계산해주는 기능)
 c. Temperature (섭시, 화시, 절대온도를 계산해주는 기능)
 d. Melting Temperature for Oligo (Olionucletotide의 서열을 입력하면 Tm을 계산해주는 기능)

(다) Enzymes
제한효소를 검색하는 기능이다. 이름, 인식서열, overhang의 서열등으로 검색이 가능하다.

(라) Media
실험과 관련된 비디오와 에니메이션을 모아 둔 것이다.

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Posted by 김치유산균


DailyCalcs


지금 소개하는 아이폰 앱은 invitrogen에서 제공하는 앱으로, 생명과학 연구자들이 매일 매일 만들게 되는 시약의 몰농도 계산, 일정 농도로 만들기 위해서 얼마나 넣어야 하는지, stock solution을 어떻게 희석해야 하는지 등을 계산해주는 앱이다. 뿐만 아니라 단위환산 기능을 가지고 있어서 유용하게 사용할 수 있다. 

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Posted by 김치유산균

Genetic Code


Genetic Code


이번에 소개할 아이폰 앱은 Genetic Code를 확인해 볼 수 있는 앱이다. Triplet codon을 입력하면 어떤 아미노산을 암호화 하는지 보여주는 기능과 codon table등을 보여주는 기능이 있다. 유료인 pro 버전에서는 긴 DNA 서열을 입력하면 입력한 DNA 서열이 암호화하고 있는 단백질의 아미노산 서열을 보여주는 translator 기능과 입력한 DNA 서열의 Tm을 계산해 주는 기능도 포함하고 있다.

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Posted by 김치유산균


Molecules


이번에 소개하는 iPhone용 App은 화학물질과 단백질의 3차원 구조를 볼 수 있는 App이다. App 내에 미리 저장되어 있는 화학물질과 단백질의 3차 구조 뿐만 아니라 3차원 구조가 밝혀져 PubChem에 등록되어 있는 화학물질이나 Protein Data Bank에 등록되어 있는 단백질의 3차원 구조를 다운받아서 볼 수 있다.
다운받는 법을 먼저 소개하면 첫번째 스크린 샷 화면의 오른쪽 아래에 있는 흰색 동그라미 안에 소문자 i 가 그려진 아이콘을 클릭하면 네번째 스크린 샷과 같이 현재 iPhone에 저장되어 있는 3차 구조 목록이 나온다. 새로운 3차 구조를 다운 받을 때는 맨 위에 있는 'Download New Molecules'를 클릭하면 다섯번째 스크린 샷과 같은 화면이 나타난다. 찾고자 하는 것이 화학물질이라면 PubChem에서 검색하고, 단백질이라면 
Protein Data Bank 에서 검색한다. 원하는 목록이 나타나면 그 항목을 더블클릭(더블터치?)하면 자동다운로드가 된다. 그러면 다시 네번째 스크린 샷 화면에 나타난 다운받은 3차구조를 선택한 다음 왼쪽 맨위에 위치한 '3D Model'을 누르면 다운받은 3차구조를 볼 수 있다. 3차구조물의 위치와 방향을 화면에 손가락을 갖다데고 조정할 수 있으며 맨 왼쪽 아래의 아이콘을 클릭하면 3차구조가 자동 회전된다.
3차 구조는 Spacefilling 모드와 Ball-and-tick 모드로 감상할 수 있는데 구조화면을 더블터치 하면 두가지 모드를 선택할 수 있다. 

단백질 구조를 볼때 PC에서 PDB 파일을 다운받아 PDB 뷰어 프로그램을 보는 것보다 지원하는 모드는 작지만 간편하게 빠르게 찾아서 볼 수 있다는 장점이 있어 많이 이용하고 있다. 






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Posted by 김치유산균


LabTimer




이번에 설명할 iPhone 앱은 실험에서 많이 사용하게 되는 Timer 기능을 가진 앱으로 4개의 독립된 timer를 설정할 수 있다. LabTimer의 가장 큰 장점은 아래 스크린샷에서 볼 수 있는 것처럼 각각의 타이머에 제목을 설정할 수 있다는 점이다. 여러 실험을 동시에 진행하는 경우 각각의 타이머에 실험 제목을 입력해 놓으면 타이머가 울렸을 때 어떤 실험이 끝났는지 알 수 있어 매우 편리하다. 

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Posted by 김치유산균

NEB


NEB Tools


만약 실험실에서 NEB (New England BioLabs)의 제한효소를 많이 사용한다면, 이 앱은 상당히 유용할 것이다. NEB 카다로그를 일일이 뒤적이지 않아도 두개의 제한효소를 동시에 처리(double digestion)해야 하는 경우에 어떤 buffer를 사용해야 할지와 온도조건등을 알려준다. 바로 알려준다.
또 하나의 기능은 Restriction Enzyme Finder 기능으로 제한효소의 이름, 서열, 혹은 카테고리에 의해서 제한효소에 대한 정보를 얻을 수 있다.
NEB Tools는 NEB의 제한효소를 사용하는 경우에 100% 제대로 활용할 수 있다. 그렇지만 NEB 제한효소가 타사 제품에 비해서 조금 비싸기 때문에 NEB 제품으로만 채워져 있는 연구실이 그렇게 많지는 않아 활용도가 약간 떨어질 것이다. 그렇지만 각각의 제한효소의 정보를 빠르게 찾아 볼 수있는 것만으로도 상당히 유용할 것이다.

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Posted by 김치유산균

Counter Cells


Counter Cells & Stars



미생물연구자나 cell을 배양하는 연구자들에게 유용한 앱이다.
cell counting 도중에 잊어 버리는 일이 생기지 않도록 사용해 보면 좋을 것이다. 
옵션으로 unit을 선택 할 수 있는데 1, 2, 5개의 unit 중에서 고를 수 있다. 즉 colony를 세는 경우라면 5개의 plate에서 각각의 colony 숫자와 5개 plate 전체의 colony 숫자를 바로 얻을 수 있다. 아주 간단한 앱이지만 유용한 앱이다.
세포 셀때 뿐만 아니라 인원파악을 위해서 사람 셀때, 물건 설때 등등 유용하게 사용할 수 있는 상황은 꽤 많다. 



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Posted by 김치유산균

생물학 관련 연구자들이 사용할 수 있는 아이폰용 어플들 몇가지를 시간나는대로 하나씩 소개해 드리도록 하겠습니다.

OD260

OD260



아주 간단한 앱이다. 260 nm에서 측정한 흡광도값으로 DNA혹은 RNA의 농도를 계산해 주는 앱이다.
DNA, RNA, ssDNA, ssOligo 모드가 있어 각각의 모드에서 Extinction coefficiency가 자동 설정된다.
아쉬운 점은 희석배수를 넣어서 원액의 DNA나 RNA 농도를 계산할 수 있었으면 더 좋았을 것이다. 보통 sample을 희석해서 측정을 하기 때문에 희석배수를 곱해줘야 원 sample의 농도를 알 수 있다. OD280 값을 넣을 수 있는 옵션도 있었으면 더 좋았을 것이다. 

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Posted by 김치유산균